新生儿肠道病毒感染的危害主要在于其易引发医院感染暴发流行，可发展为新生儿败血症、急性重型肝炎、心肌炎等，进而威胁患儿生命。

肠道病毒是引起病毒性脑膜炎第一位的病原体。据统计，美国肠道病毒所致的脑膜炎约占无菌性脑膜炎总数的85％。而国内报道肠道病毒感染占病毒性脑炎、脑膜炎的69％～84％

除了手足口病以外，多数肠道病毒引起的皮疹，临床上仅根据外观区别、无法进行可靠诊断

疱疹性咽峡炎就是由肠道病毒感染引起的儿童急性上呼吸道感染性疾病，不同血清型肠道病毒引起机体呼吸系统症状表现出明显临床症状差异，除上呼吸道感染外还有下呼吸道感染、肺炎及流感样症状等。